El museo se localiza en el costado de una nueva plaza que se generó como entrada al Centro Cultural Universitario, en donde antes se localizaba un estacionamiento. El volumen se entierra en la piedra volcánica del sitio y su composición plástica responde al entorno: hacia la plaza, se dispone un gran pórtico formado por el plano inclinado; hacia el oriente, un volumen curvo que dialoga con el volumen anguloso de la sala de conciertos, mientras que al poniente surgen prismas blancos de distintas alturas, que anuncian al edificio desde lejos. Al interior, las salas están agrupadas en cuatro secciones, que funcionan como pequeños museos independientes. Éstas se conectan mediante tres calles interiores, iluminadas de manera natural, con patios y terrazas.